Музей истории морского флота и академии Государственного университета морского и речного флота имени адмирала С. О. Макарова является структурным подразделением Университета. Музей был открыт для посещения в мае 2001 г. Музей создавался, как музей истории Государственной морской академии имени адмирала С. О. Макарова.

На момент открытия музея общая площадь музея составляла 182 кв.м. и вся экспозиция размещалась в 3-х залах. В 2015 г. музею было передано помещение площадью 114 кв.м. Первоначально в новом зале были размещены экспонаты, освещающие историю учебного заведения в годы Великой Отечественной войны. В начале 2016 г. был проделан проход, соединяющий новое помещение музея с основными помещениями музея и было произведена перепланировка экспозиции музея в связи с создание Мемориального зала адмирала С.О. Макарова.

Экспозиция музея построена по тематически-хронологическому принципу, согласно приведенной ниже справке. Государственная морская академия имени адмирала С. О. Макарова была одним из старейших морских учебных заведений России. Начав свое существование с мореходных классов в 1876 г., Государственная морская академия имени адмирала С. О. Макарова обеспечивала транспортный (торговый) флот страны и зарубежные судоходные компании высококвалифицированными специалистами.

7 (19 по старому стилю) мая 1876 г. Санкт-Петербургскому речному яхт-клубу было разрешено открыть два мореходных класса: первый – для подготовки учеников к испытанию на звание штурмана каботажного плавания, второй (старший) – для подготовки к испытанию на звание штурмана дальнего плавания.

1 (14) июня 1902 г. в Санкт-Петербурге на базе Мореходных классов было учреждено Училище дальнего плавания первого разряда с трехгодичным сроком обучения. Выпускники училища имели право держать экзамены на звание штурмана первого или второго разрядов в специальной комиссии, назначавшейся Министром финансов. 23 октября (5 ноября) 1902 г. в училище начались занятия.

В 1903 г. в связи с празднованием 200-летия основания Петербурга Городская Дума выступила перед Главным управлением торгового мореплавания и портов, которому были подчинены мореходные учебные заведения, с ходатайством о присвоении Училищу дальнего плавания имени Императора Петра I. С 25 февраля (9 марта) 1904 г. по указу Николая II училище стало называться «Санкт-Петербургское училище дальнего плавания Императора Петра I». В 1905 г. при Училище дальнего плавания было учреждено училище судовых механиков торгового флота, и с 22 декабря 1907 г. (4 января 1908 г.) это учебное заведение получило новое название «Санкт-Петербургские соединенные училища дальнего плавания и судовых механиков торгового флота Императора Петра I».

23 сентября 1919 г. Петроградские соединенные училища дальнего плавания и судовых механиков торгового флота было преобразованы в морское и механическое отделения Петроградского политехникума. В 1922 г. на базе этих отделений был образован Петроградский техникум водных путей сообщения, в 1924 г. переименованный в Ленинградский морской техникум (ЛМТ). В Ленинградском морском техникуме имелись отделения: судоводительское, судомеханическое, общеобразовательное и подготовительное. Срок обучения – 4 года. Судоводительское отделение готовило штурманов дальнего плавания и штурманов малого плавания. Судомеханическое отделение готовило судомехаников 3-го и 2-го разряда. В 1925 г. техникум стал готовить радиотехников, радиооператоров 1-го и 2-го разрядов. С 1930 г. открылись отделения: электромеханическое, эксплуатационное и механизаторов портов.

4 июня 1944 г. приказом Народного комиссара морского флота № 229 Ленинградский морской техникум был реорганизован в Ленинградское высшее мореходное училище (ЛВМУ). На четырех факультетах училища готовили штурманов дальнего плавания (судоводительский факультет), инженеров-механиков (судомеханический факультет), инженеров-электромехаников (электромеханический факультет) и радиоинженеров (радиотехнический факультет). В 1950 г. был открыт новый факультет – эксплуатационный.

25 апреля 1935 г. В Ленинграде по постановлению СНК СССР и ЦК ВКП(б) № 1726 от 20 июля 1934 г. был открыт Гидрографический институт Главсевморпути при СНК СССР. В Гидрографическом институте готовили инженеров-гидрографов с двумя уклонами: гидрография и картография. С 1939 г. началась подготовка инженеров-метеорологов. В 1942 г. институт был эвакуирован в Красноярск, а в 1944 г. вернулся в Ленинград.

В соответствии с приказом № Р-164 Начальника Главного Управления СМП при СНК СССР 1 июля 1945 г. Гидрографический институт был преобразован в Высшее арктическое морское училище (ВАМУ), выпускающее штурманов дальнего плавания, инженеров-гидрографов и инженеров-гидрологов.

Постановлением Совета министров СССР № 1201 от 24 марта 1949 г. в связи с 50-летием ввода в строй ледокола «Ермак» Высшему арктическому морскому училищу было присвоено имя адмирала С. О. Макарова, по проекту и под руководством которого был построен ледокол.

1 июня 1954 г. на основании приказа министра морского и речного флота СССР № 327 ВАМУ им. адм. С. О. Макарова и ЛВМУ были объединены в Ленинградское высшее инженерное морское училище имени адмирала С. О. Макарова (ЛВИМУ им. адм. С. О. Макарова) в составе шести факультетов: судоводительского, радиотехнического, судомеханического, электромеханического, гидрографического и гидрометеорологического. В 1956 г. гидрографический и гидрометеорологический факультеты были объединены в арктический факультет.

До 1958 г. в составе училища был эксплуатационный факультет. После весеннего 1958 г. выпуска факультет был расформирован. В 1981 был создан факультет «Управления морским транспортом».

В декабре 1990 г. по постановления Совета министров СССР № 1350 Ленинградское высшее инженерное морское училище имени адмирала С. О. Макарова было реорганизовано в Государственную морскую академию имени адмирала С. О. Макарова (ГМА им. адм. С. О. Макарова). В составе академии с момента организации действовало шесть выпускающих факультетов, готовивших специалистов для морского флота по различным специальностям. С 2009 г. в академии был открыт юридический факультет.

В сентябре 2012 г. приказом министра транспорта России Государственная морская академия имени адмирала С. О. Макарова вошла в Санкт-Петербургский университет водных путей сообщения. В результате преобразования новое учебное заведение получило название «Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С. О. Макарова»

Экспозиция музея подчинена следующим задачам: отразить историю создания и развития ГМА имени адмирала С. О. Макарова, отразить историю создания и развития Государственного университета морского и речного флота имени адмирала С. О. Макарова и отразить историю развития морского флота России.

Экспозиция музея размещена в 4-х залах музея:

  • зал № 1 – экспозиция данного зала освещает историю создания и развития мореходного образования в академии в период 1876 – 1944 гг.;
  • зал № 2 – Мемориальный зал адмирала С.О. Макарова.
  • зал № 3 – экспозиция данного зала разбита на две части. Первая часть – это история академии с 1944 г. по 1990 г. Вторая часть экспозиции посвящена орденам и медалям России до 1917 г., орденам и медалям СССР периода Великой Отечественной войны и выпускникам нашего учебного заведения, удостоенных званий Героя Советского Союза, Героя Социалистического труда, Героя России;
  • зал № 4 – экспозиция данного зала освещает историю академии в период 1990 – 2012 гг., историю факультетов, кафедр академии, историю Государственного университета морского и речного флота с 2012 г.

Музей имеет 1264 единиц хранения. Среди них уникальные документы, личные вещи и фотографии выпускников и учащихся мореходных классов Санкт-Петербургского речного яхт-клуба, Училища дальнего плавания, соединенных училищ дальнего плавания и судовых механиков торгового флота Императора Петра I., Ленинградского морского техникума, Гидрографического института Главсевморпути, Ленинградского высшего мореходного училища, Высшего арктического морского училища имени адмирала С. О. Макарова, Ленинградского высшего инженерного морского училища имени адмирала С. О. Макарова, Государственной морской академии имени адмирала С. О. Макарова, Государственного университета морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова; труды выдающихся ученых и профессоров нашего учебного заведения; личные вещи некоторых профессоров нашего учебного заведения, модели судов и кораблей; судовые дельные вещи, судовой инвентарь и предметы судового обихода; флаги судов и судоходных компаний; награды, памятные жетоны, знаки, эмблемы, элементы формы одежды курсантов; копии фотография и документов о жизни и деятельности адмирала С.О. Макарова из фондов РГАВМФ, муляжи наград, которыми был награжден С.О. Макаров, образцы погон С.О. Макарова; картины, портреты работников морского флота выпускников академии. В музее представлены отдельные экспозиции:

  • экспозиция, посвященная героическому вкладу выпускников академии в дело разгрома немецко-фашистских захватчиков в годы Великой Отечественной войны (зал № 1);
  • экспозиция, посвященная наградам России периода до 1917 г. и наградам СССР периода Великой Отечественной войны (зал № 3);
  • Мемориальный зал адмирала С.О. Макарова (зал № 2).

В залах музея преподаватели и сотрудники музея проводят занятия с курсантами первых курсов по введению в специальность, по истории нашего учебного заведения и морского флота России.

Музей истории морского флота и академии поддерживает тесные связи с музеями высших учебных заведений Санкт-Петербурга и России, музеем Арктики и Антарктики, Центральным военно-морским музеем, музеем «Морская Стрельна», экспедицией подводно-археологических работ «Память Балтики», Международной ассоциацией «Полярный конвой».